Иезуиты приняли активное участие в подготовке и созыве Тридентского Вселенского собора (1545-1563 гг.), принявшего ряд решений, ознаменовавших формальное начало Контрреформации. Прежде всего собор подтвердил догмат о непогрешимости пап в делах веры и приоритете папской власти перед авторитетом вселенских соборов. Было принято решение об издании инквизицией индекса запрещенных книг, ставшего мощным орудием церковной реакции против свободомыслия и науки. В то же время признавалось, что для успешного противостояния наступлению протестантизма недостаточно одних угроз и запретов, а необходимо повысить общую грамотность и религиозную образованность католического духовенства за счет расширения и укрепления системы религиозного образования. Для малограмотной паствы было решено издавать катехизис веры, т. е. краткое и понятное изложение основ католического вероисповедания в форме вопросов и ответов.

В результате в Риме был создан целый ряд учебных заведений — коллегий для специальной подготовки католического духовенства, усилена церковная цензура, активизирована миссионерская деятельность церкви. Еще одним трагическим проявлением Контрреформации стало возрождение и широкое распространение в XVI—XVII вв. практики «охоты на ведьм». Тысячи женщин, обвиненных в ведовстве и сожительстве с дьяволом, были подвергнуты жесточайшим казням. Правда, в этом отношении протестантские церковники ненамного отставали от своих коллег из католической инквизиции.

Борьба, начатая папством, не ограничилась областью чисто церковных мер, и вскоре по всей Европе запылали огни религиозных войн. Они раскалывали только начавшие складываться нации и препятствовали формированию буржуазных государств, в то же время демонстрируя всю бесплодность и бессмысленность религиозной нетерпимости и постепенно приучая европейские народы к необходимости вынесения религиозных разногласий за рамки государства и гражданского общества. Важнейшими вехами на этом пути стал Аугсбургский мир (1555 г.) в Германии, в результате которого восторжествовал принцип «чья власть, того и вера». Французский король Генрих IV, натерпевшийся от религиозных битв и неоднократно вынужденно переходивший из одного вероисповедания в другое, издал Нантский эдикт о веротерпимости (1598 г.), позволивший католикам и протестантам уживаться в одном государстве. Меры, предпринятые католической церковью, позволили ей предотвратить беспрепятственный натиск протестантизма, победившего в основном в Скандинавии, Северной Германии, Швейцарии и Нидерландах, а также на Британских островах. Оплотом католицизма оставались Италия, Испания, Франция, Австрия и юго-восточные страны Европы.

В то же время протестантизм внёс наиболее ощутимый вклад в становление культуры западноевропейского общества. Не провозглашая никакого определенного социально-политического идеала, не требуя переделки общества в ту или иную сторону, не свершая никаких научных открытий или достижений на художественно-эстетическом поприще, Реформация изменила сознание человека, открыла перед ним новые духовные горизонты. Человек получил свободу самостоятельно мыслить, освободился от авторитарной опеки церкви и утвердился в высшем для него религиозном убеждении, что только собственный разум и совесть могут диктовать ему, как следует жить. Реформация способствовала появлению человека буржуазного общества — независимого индивида со свободой нравственного выбора, самостоятельного и ответственного в своих суждениях и поступках. Именно в носителях протестантских идей с наибольшей полнотой выразился новый буржуазный тип личности с новой культурой и отношением к миру. Было пересмотрено отношение к труду, приобретшему религиозно-этическую ценность, тогда как неумение и некомпетентность в своем деле стали считаться таким же тяжким грехом, как и праздность.

Складывающийся в Западной Европе в XVIII—XIX вв. капитализм, индустриальная буржуазная цивилизация получили в протестантизме свое духовное обоснование. В свою, очередь протестантизм послужил раскрытию возможностей нового строя, продвижения общества на пути прогресса. Реформация вызвала необходимость преобразования традиционного католического вероисповедания, приспособления его к условиям нового буржуазного общества, что позволило католической церкви остаться важнейшим институтом буржуазного общества и не превратиться в факт истории религии и культуры. Однако до окончательного поражения феодализма в эпоху Реформации и Контрреформации было ещё далеко.