Успехи, одержанные протестантской Реформацией, заставили римско-католическую церковь встать на путь преобразований и поиска путей восстановления утраченных позиций. Оправившись от первых чувствительных ударов и поражений, до основания поколебавших ее устои, римская церковь начинает собирать силы для новой ожесточенной борьбы с протестантизмом. Эта борьба развернулась в Западной Европе в XVI—XVII вв. и получила название Контрреформации — организованного папством церковно-политического движения в защиту святости и величия католической церкви. Она включала ряд мер по организационному переустройству церкви и активизации функционирования её институтов. Контрреформация не ограничилась чисто церковными мерами, а пошла по пути развязывания целой череды жестоких и кровопролитных религиозных войн, охвативших Европу в этот период.

Прежде всего, была резко усилена роль инквизиции, преобразованной в Конгрегацию «Святого престола», действовавшей под непосредственным руководством папы и обрушившей всю свою мощь на противников католической церкви. Были мобилизованы силы старых нищенствующих монашеских орденов — францисканцев, доминиканцев, кармелитов, августинцев, члены которых должны были активизировать свою проповедническую миссию. Но наиболее удачным орудием папства против свободомыслия и ересей стал вновь созданный орден иезуитов «Общество Иисуса», девизом которого был лозунг «Иисус — спаситель людей». Его основал испанский дворянин Игнатий Лойола, не преуспевший на военной службе вследствие ранений и направивший свой неукротимый пыл и воинствующую религиозность на служение католической церкви нетрадиционными методами.

Тяжело переживая кризис католичества, Лойола искал ответ на вопрос, как можно исправить дело. В итоге он пришел к мысли основать духовное общество для защиты церкви не тихим монастырским служением и проповедничеством, а активной борьбой с ее противниками. Он задумал создать настоящую боевую организацию воинов Христовых, тесно связанных дисциплиной и сильных своим единодушием, — «духовное войско, сражающееся за славу Божью под знаменем креста Господня». Найдя единомышленников и последователей, Лойола быстро подчинил их своей воле, внушив им идею собственного избранничества и божественного покровительства в деле защиты католической церкви во главе с папой. Первоначально это вновь возникшее товарищество занималось проповедничеством и обличением еретиков.

Внешняя и внутренняя жизнь членов ордена была весьма различной. На людях иезуит, орденская принадлежность которого известна окружающим, должен вести себя скромно и благочестиво, быть приветливым и кротким, никогда не выражать недовольства, смотреть вниз, чтобы не выдавать глазами своих мыслей, и хранить в тайне всё относящееся к внутренней жизни ордена. Но эта кротость и бдагочестивость не должны мешать иезуиту использовать все средства для достижения главной цели — выполнения приказов и распоряжений начальства. Он мог прибегать к клевете, к интриге, заговору, использовать яд, кинжал, предаваться светским развлечениям, вести разгульный образ жизни, если это являлось необходимым для победы над врагами католической церкви.

Такое поведение теоретически обосновывалось идеологами ордена в концепции так называемой иезуитской морали, главным принципом которой стало положение «цель оправдывает средства». Провозглашая своей целью укрепление славы Божьей, иезуиты считали, что нет таких средств, которые не были бы оправданы этой целью, и, последовательно применяя эти положения к жизненной практике, постепенно пришли к оправданию любых безнравственных и просто преступных деяний. Ложь, клятвопреступничество, предательство, тончайшая интрига и игра на человеческих слабостях, страстях и пороках были обычными средствами укрепления иезуитами своих позиций. Неудивительно, что вскоре этот орден не только стал играть руководящую роль в религиозной жизни, но и оказывать громадное влияние на политику.