Очевидно, в 67 г. апостола Петра казнили в цирке Нерона, а затем похоронили на близлежащем кладбище. Христиане, видимо, выкупили этот участок и возвели вокруг него ограду. Дальнейшее вызывает споры среди ученых: одни считают, что мощи Петра всегда покоились здесь, другие полагают, что более 80 лет они хранились

Результаты раскопок держались в строжайшей тайне. С рабочих и археологов взяли слово, что они ничего не скажут о своих находках даже родным. Началась Вторая мировая война, а работы в подземелье собора Святого Петра продолжались. На поиски истины ушло 10 лет. Все это время Папа ни разу не упомянул о результатах раскопок. И только в 1952 г. увидел свет двухтомный труд, в котором был подробно описан ход работ и открытия, совершенные за это время.

И Пий XII решился провести раскопки под храмом и наконец узнать истину. Это решение было удивительно смелым и могло иметь роковые последствия для миллионов людей, которые искренне верили в Господа и истинность Святого Писания. Что, если исследования покажут: святой Петр никогда не был в Риме? Или гробницы не обнаружат?

Поэтому исследователям пришлось признать, что на основе Святого Писания и других документов установить место погребения апостола невозможно.

Папа Пий XII после долгих колебаний решился раз и навсегда положить конец спорам и пересудам - тайна гробницы интересовала его не меньше, чем ученых.

Толчок к принятию решения ему, тогда еще кардиналу, дало завещание его предшественника Папы Пия XI, который скончался 10 февраля 1939 г. Усопший желал быть похороненным возле Пия X, как можно ближе к «исповедальне» Святого Петра,