Известно также, что у декана местной церкви Иоганна фон Люде был молитвенник, на обложке которого его бабушка (или, как указывают другие источники, мать), сама видевшая уход детей из города, сделала на латыни краткую рифмованную запись об этом случае. К сожалению, молитвенник этот был утерян в XVII в.

Исследователи предлагают несколько версий тех событий, которые могли стать основой этой удивительной и загадочной истории.

Первая версия говорит о том, что дети могли присоединиться к крестовому походу детей, который состоялся в 1212 г. Это религиозное движение детей охватило в то время Францию и Германию. Немецкий мальчик Николас провозгласил себя избранником Бога, которому под силу вернуть христианам власть над Святой землей. Для этого в его войске должны быть только чистые душой дети. Перед ними отступит морская пучина, пропуская к Иерусалимскому королевству, и там они молитвами и иконами изгонят неверных из Святого города. Некоторые исследователи полагают, что мальчика подучил отец, заключивший договор с неким работорговцем. Николас собрал под свои знамена около 20 тысяч детей и отправился с ними в далекий и опасный путь через Альпы в Италию, к морю. До берегов моря дошла лишь четверть паломников, а обратный путь, как говорят хроники, не одолел никто. Сторонники этой версии полагают, что в реальной истории роль музыканта сыграл некий проповедник, который сумел уговорить детей примкнуть к крестоносному походу Николаса. Поверить в реальность этой версии мешают несовпадения в хронологии событий, ведь дату крестового похода и указанную в сказке разделяют более 70 лет. Причем записи и легенды о походе Николаса существуют совершенно самостоятельно и нигде не пересекаются со сказаниями о гаммельнском крысолове.

Да и представить средневекового проповедника в пестрых одеждах, о которых неоднократно упоминается в хрониках и преданиях, трудновато.

Другая теория о происхождении сказки пытается объединить ее с историческим фактом - битвой при Зедемун-де, произошедшей в 1259 г. Тогда гаммельнское ополчение вышло на бой против армии епископа Минденского, чтобы отстоять права на спорные земельные участки. Гам-мельнцы в этой битве потерпели поражение, потеряли около 30 человек погибшими, а пленников победители увели «через горы» - что совпадает с легендой. Через некоторое время они вернулись домой через Трансильванию. Однако эта история зафиксирована в летописях Гаммельна раньше истории о крысолове, количество погибших не совпадает, потому вряд ли это событие могло стать основой сказки о флейтисте.

Следующая версия о причинах гибели 130 гаммельнских детей утверждает, что ребятишек погубила... чума. Эпидемия чумы пришла в Европу в начале XIV в. с востока и в 1347-1348 гг. превратилась в пандемию, от которой погибло около трети населения Европы. Болезнь распространяли черные крысы, во множестве проникавшие в портовые города из корабельных трюмов, а дальше болезнь уже передавалась от человека к человеку. Возможно, полагают некоторые ученые, именно чума стала прообразом пестрого дудочника - ведь она унесла жизни сотен детей и моло: дых людей. Сторонники этой версии ссылаются на популярный в ту пору символизм «Пляски смерти», причем смерть часто изображают как скелет, наряженный в разноцветные лохмотья или яркую одежду. Некоторые исследователи даже предполагают, что речь шла не об одежде, а о черных и синих пятнах, которые появляются на теле больного бубонной чумой. В средневековых рукописях, посвященных мистериям смерти, часто рисовали флейтистов и певцов, которые аккомпанируют пляске, а иногда и саму смерть изображали в виде музыканта. Именно жестокая эпидемия, унесшая жизни детей, подтолкнула гаммельнцев к созданию легенды о дудочнике, который увел детей в страну смерти за холмами (по-немецки «холмы» - Сорреп), откуда никто не вернулся. И опять эта вполне правдоподобная версия опровергается хронологией. Ведь история с гаммельнским крысоловом произошла почти за полвека до того, как в Германию пришла чума. В конце XIII в. серьезных эпидемий не было зафиксировано.