Некоторые исследователи склонны считать появление стигматов результатом воздействия гипноза. Ведь известно, что загипнотизированному человеку можно дать в руку кусок льда и внушить, что это горящий уголь, - на руке появится ожог. Для гипноза человека усыплять не обязательно, команды можно Подавать незаметно для сознания с помощью специальных приемов. Проповедующие священники, охваченные фанатичной верой, вполне могли влиять на прихожан, у которых иногда в результате такого гипнотического воздействия появлялись стигматы. Однако опыт гипнотизеров показал, что у группы испытуемых вместо стигматов появлялось лишь незначительное покраснение, которое потом быстро проходило. Возможно, в Средние века священники знали какой-то секрет? Пока это установить не удалось.

Существуют другие, более оригинальные, научные теории о появлении стигматов. Так, киргизские специалисты предложили версию, согласно которой раны открываются вследствие воздействия на организм болотного газа. Исследовав жилье женщины, у которой появились стигматы, они отметили высокое содержание в воздухе метана и этана. Через легкие газы попадают в кровь, и если клетки организма не могут освободиться от них, то начинается сложный физиологический процесс, который может привести к появлению язв. Правда, ученые не объяснили, почему они появляются в строго определенных местах.

Следующая научная теория тоже не может дать полного объяснения загадки стигматов. Эта версия пытается объяснить появление «ран Христа» у женщин проявлением редкой болезни - эндометриоза. У больных хлетки слизистой оболочки матки оказываются в совершенно не свойственных им местах - на коже, в слезных железах, во рту и т. д. и, соответственно, пытаются функционировать так, как им и положено, т. е. кровоточить с определенной периодичностью. У мужчин же появление стигматов склонны связывать с воздействием на организм токсических веществ во внутриутробный период развития. Пока эти объяснения не приобрели популярность.