Сражения начались позднее, поскольку не все разделяли точку зрения царя. Они считали, что испанцев можно победить, используя их же средства и навыки, которыми следует овладеть. Несмотря на свое мужество, сопротивляющиеся проиграли, поскольку не нашли опоры ни в ранее побежденных племенах, ни в союзниках, для которых владычество ацтеков и испанцев было равнозначно. Содержанием большинства рукописей ацтеков являлись различные заклинания, они были сожжены испанскими священнослужителями. Однако оставшиеся в живых жрецы изучили латинский алфавит и переписали свои предания, мифы и многое другое из уничтоженных источников.

Испанцы постарались стереть все следы культуры ацтеков, в том числе город Теночтитлан, известную метрополию ацтеков, с его пирамидами и произведениями зодчества. «Возникновение майянской цивилизации было ответом на вызов, брошенный тропическим лесом». Тойнби приводит слова историка Спиндена, что майянская культура стала возможной только благодаря освоению плодородных низин.