Поэтому исследователям пришлось признать, что на основе Святого Писания и других документов установить место погребения апостола невозможно.

Папа Пий XII после долгих колебаний решился раз и навсегда положить конец спорам и пересудам - тайна гробницы интересовала его не меньше, чем ученых.

Толчок к принятию решения ему, тогда еще кардиналу, дало завещание его предшественника Папы Пия XI, который скончался 10 февраля 1939 г. Усопший желал быть похороненным возле Пия X, как можно ближе к «исповедальне» Святого Петра, где, по легенде, и находилась гробница любимого ученика Спасителя. Кардинал Пачелли, которому вскоре предстояло занять папский престол под именем Пия XII, приказал выполнить последнюю волю покойного. Осмотрев подземелье, архитекторы пришли к выводу, что места для еще одного захоронения там недостаточно. Тогда было решено разрыть пол в подземелье за стеной фундамента, чтобы расширить пространство. Но вскоре заступы рабочих наткнулись на каменную плиту, а за стеной обнаружилась ниша. Люди, работавшие в тот день в подземелье, имели огромный опыт ведения раскопок в Ватикане - этом огромном музее под открытым небом. Большинство из них получили свое ремесло и знания в наследство от отцов и дедов. Они прекрасно понимали, что собор стоит на сваях, погруженных в рыхлый сыпучий грунт, и любое неосторожное действие может иметь роковые последствия для величайшего в мире христианского храма. Неожиданная находка, естественно, наводила на мысль, что случайно удалось найти гробницу святого Петра. Ведь совсем рядом была «исповедальня» - место, где должны покоиться мощи Первоверховного апостола. Достаточно убедительным подтверждением этой догадки могли послужить другие находки археологов, а именно - захоронение римского префекта, датируемое 359 г., места последнего пристанища императора-германца Оттона I, Папы Адриана IV, шведской королевы... Что могло заставить этих людей изъявить желание быть похороненными вдали от родины, если не стремление покоиться рядом со святыми мощами апостола Петра?