И Пий XII решился провести раскопки под храмом и наконец узнать истину. Это решение было удивительно смелым и могло иметь роковые последствия для миллионов людей, которые искренне верили в Господа и истинность Святого Писания. Что, если исследования покажут: святой Петр никогда не был в Риме? Или гробницы не обнаружат? Ведь вполне могло оказаться, что Петр похоронен вовсе не там, где воздвигнут собор. Могло случиться так, что последователи Первоапостола не смогли получить его тело после смерти и почитали место его казни или памятник, воздвигнутый на месте казни.

Возможен был и другой вариант развития событий. Даже если бы археологам и удалось отыскать в подземельях собора гробницу, она могла оказаться пустой. За века Рим неоднократно подвергался набегам врагов, а базилика Константина, воздвигнутая на мощах апостола, находилась за пределами города, значит, подвергалась грабежу и разрушениям еще чаще. В 846 г. сарацины разгромили множество святынь буквально под стенами Рима. Где гарантия, что во время таких набегов место упокоения Петра не было обнаружено и осквернено?

Кроме того, вести раскопки под собором было неимоверно сложно с технической точки зрения. Ведение археологических работ под таким огромным строением требовало необыкновенной осторожности. В 1822 г. в непосредственной близости от «исповедальни» установили памятник Пию VI. Именно тогда архитекторы обнаружили, что любые земляные работы могут нарушить хрупкое равновесие и стать причиной разрушения храма.

Но все же изыскания начались. Вскоре стало ясно, что плиты, найденные рабочими, - не что иное, как пол базилики, построенной императором Константином еще в IV в. Легенда гласила, что алтарь базилики был возведен над гробницей Святого Петра. В XV в. храм настолько обветшал, что грозил рухнуть на головы верующих, поэтому по приказу Юлия II на его месте возвели великолепный собор. По плану предполагалось, что новый алтарь будет находиться на месте старого, а в полу прорубят окошечко. Именно через него верующие могли взглянуть в подземелье, скрывающее могилу апостола. Но была ли там сама могила? Это и предстояло выяснить.