Это чудесное появление в его жизни «Книги Авраама-еврея» заставило Николя начать грандиозную авантюру по поиску философского камня. Но очень скоро Фламель понял, что не в силах постигнуть тайного смысла записей мудреца иудея. Это было очень обидно, поскольку Николя полагал, что на первых листах книги он получил необходимые сведения обо всех манипуляциях; названия материалов и последовательности, а также времени действия он установить не мог. Он днями и ночами корпел над книгой. Супруга начала беспокоиться о его здоровье, и тогда он раскрыл ей свою тайну. Существует версия, что именно жена посоветовала Фламелю обратиться к помощи людей ученых.

Среди постоянных клиентов Фламеля был лиценциат медицины по имени мэтр Ансельм. Николя переписал несколько страниц из заветной книги и показал их Ансельму. Тот подошел к изучению записей неизвестного мудреца очень серьезно, поскольку оказался большим любителем алхимии. Ансельм мечтал взглянуть на оригинал книги, и Фламелю потребовалась вся его изобретательность и изворотливость, чтрбы скрыть, что манускрипт находится у него. Мэтр Ансельм пояснил новичку алхимику, что первый знак в книге символизирует время, а шесть страниц после него указывают, что на изготовление философского камня уйдет шесть лет. Главные составляющие смеси - белая тяжелая вода (несомненно, имеется в виду «живое серебро», ртуть), которую нельзя поймать и удержать другими способами, кроме длительного отваривания в чистой крови маленьких детей. Якобы в крови ртуть вступит в реакцию с золотом и серебром и превратится сначала в траву, похожую на ту, которая нарисована на книге, затем в змей, которые после высушивания и прокаливания на сильном огне дадут золотую пудру, которая и будет философским камнем.

Получив такие квалифицированные пояснения, Фламель приступил к опытам. Более двадцати лет он посвятил попыткам, используя пояснения лиценциата, изготовить философский камень. Он сам пишет об этом периоде так: «В течение двадцати одного года я приготовил тысячу отваров, не с кровью, конечно, что было бы и злом и грехом; я прочел в книге, что философы называли кровью дух минералов, который должен содержаться в металле, в основном солнце, луне и Меркурии (золоте, серебре и ртути), содружества которых я всегда придерживался».

Однако, несмотря на все старания, получить желанный результат не удавалось. После долгих занятий Фламеля осенила простая в своей гениальности мысль - обратиться за пояснениями к соотечественникам автора, ученым-иудеям. В те времена евреи подвергались гонениям во Франции, и большинство их жили в Испании. Посоветовавшись с женой, Фламель решил совершить паломничество к святому Жаку Галисийскому, чтобы получить благословение, а заодно поискать в синагогах Испании какого-нибудь ученого еврея, который смог бы помочь ему понять значение таинственных символов. В путь Николя прихватил с собой копии рисунков из книги. В 1378 г. наш герой отправился в путешествие, которое, как говорят хроники и легенды, изменило всю его последующую жизнь. Выполнив обет перед святым Жаком, Фламель занялся поисками нужного человека, но не преуспел. Настала пора возвращаться. По дороге домой он проезжал через Лион и познакомился с купцом, у которого был друг - врач, иудей по происхождению, принявший христианство. Фламель пожелал познакомиться с этим человеком. Врач, которого звали мэтр Канчес, оказался искушенным каббалистом. Одного беглого взгляда на копии листов из книги ему хватило, чтобы прийти в восторг. Он был вне себя от удивления и радости и сразу спросил, откуда у Фламеля эти копии. Тот ответил, что раскроет этот секрет тому, кто поможет ему расшифровать символы манускрипта, на что Канчес сразу согласился. Он начал объяснять значение эмблем, и слова показались Фламелю очень убедительными. С бьющимся сердцем он слушал откровения ученого-каббалиста, а потом предложил ему отправиться вместе с ним в Париж и закончить толкование, пользуясь оригинальными текстами. Однако в Орлеане мэтр Канчес тяжело заболел и после недели бесплодных усилий Фламеля умер у него на руках. Но главное Николя уже знал. Вернувшись домой, он с удвоенным энтузиазмом взялся за опыты. Прошло три года напряженного труда, в котором Фламелю активно помогала супруга, и вот наконец он получил то, о чем мечтал, - великий камень мудрости.