В своих записях он отметил: «В первый раз, произведя трансмутацию, я применил порошок проекции ко ртути, превратив примерно полфунта этого металла в чистое серебро более высокого качества, чем то, которое добывают в рудниках... Это произошло в понедельник 17 января 1382 года около полудня. Присутствовала только Пернел-ла». Вскоре, судя по его записям, он смог превратить ртуть и в золото. На чем основываются эти выводы, неизвестно... Некоторые исследователи отмечают, что именно в этот период благосостояние семьи Фламель резко возросло.

Соседи были заинтригованы, видя, что писарь, хоть и преуспевший, начал расходовать значительные средства на благотворительность. В 1407 г. якобы по его заказу был построен дом, в котором Фламель устроил приют для бедных странников. Правда, ходили сплетни, что в приюте проживали алхимики.

Также пожилые супруги, которые уже не надеялись иметь детей, оказывали помощь вдовам и сиротам, основали больницу, пожертвовали крупную сумму на восстановление портала церкви Сент-Женевьев-дез-Ардан, финансировали создание приюта Тридцати пяти.

Алхимические опыты Николя Фламель описал в нескольких книгах, которые издавались с 1395 по 1414 г. Однако никому из его последователей не удалось по приведенным в книгах рецептам воссоздать философский камень.

Умер Фламель в 1417 г. и был похоронен рядом с супругой в мавзолее, который построил для нее.

Правда, некоторые утверждают, что эта смерть была всего лишь ловкой инсценировкой, которая должна была скрыть главную тайну Фламеля - его бессмертие.

После смерти алхимика прошло два века. Исследователи решили вскрыть его могилу и обнаружили... что она пуста. В то же время появились интересные свидетельства людей, которые утверждали, что видели Фламеля и его жену в добром здравии. Так, в XVII в. известный путешественник Поль Люка рассказывал о странном случае, который произошел с ним возле мечети в городе Брусса. Якобы тогда он познакомился с человеком, который назвал себя лучшим другом четы Фламелей и сообщил, что видел их три месяца назад в Индии. Также он рассказал, что Фламель инсценировал смерть своей жены, а позже и собственную, бежал в Швейцарию, а оттуда отправился странствовать по миру. Если это утверждение правдиво, но в тот момент возраст Фламеля составлял около 300 лет.