Противники понтифика наняли гасконские, английские и наваррские войска и послали их против сторонников Урбана VI. По всей Италии началась резня. Восставшие жители Рима убивали всех иностранцев, считая их ставленниками авиньонцев. В то же время французы собрали еще один конклав и избрали угодного им Папу - Роберта Женевского, известного бандита и убийцу, который, будучи еще папским легатом, вырезал все население Чезены. Он принял имя Климент VII.

Так в Европе стало два Папы. Урбана признали в Германии, Англии, Венгрии, Польше и в большей части государств и княжеств Италии. Климент VII был признан Францией, Шотландией, Неаполитанским королевством, Савойей и Испанией. В следующем году Папы поочередно предавали друг друга анафеме и старались при любом удобном случае во всеуслышание заявить о грязных и скандальных делах противника.

Разумеется, Косса не остался в стороне. Для Урбана VI он стал настоящей находкой. Бальтазар послужил Папе и еловом и шпагой, его ждала блестящая карьера, которой, как оказалось, не смогла помешать даже смерть покровителя. Избранный после Урбана VI Папа Петр Томачелли, принявший имя Бонифация IX, был другом семьи Косса и ровесником Бальтазара. Он немедленно назначил пирата архидиаконом в собор Святого Евстафия, для того чтобы такой бесценный во всех отношениях помощник и советчик был всегда при нем. 27 февраля 1402 г. Папа возвел своего друга в сан кардинала. Даже современники Коссы, привыкшие к, мягко говоря, свободе нравов в Ватикане, пришли в ужас. Секретарь Папы Дитрих фон Ним писал: «Неслыханные, ни с чем не сравнимые «дела» творил Косса во время своего пребывания в Риме. Здесь было все: разврат, кровосмешение, измены, насилия и другие гнусные виды греха, против которых обращен был когда-то гнев Божий». И далее: «Только в Болонье Косее удалось совратить более 200 женщин. Он поехал туда по поручению Папы для решения различных вопросов, касающихся Церкви и политики, но не забыл при этом и своих любовных дел. Любовницами его были замужние женщины, вдовы, девушки и монашки, жившие в монастырях. Некоторые из них любили его и добровольно становились его любовницами, но некоторые были грубо изнасилованы прямо в монастырях».

В Болонью Косса отправился по поручению Бонифация IX, чтобы разведать политическую обстановку в регионе. Оттуда он уехал в Феррару, где встал во главе армии, и вскоре войско под его предводительством заняло Болонью, Реджо и Парму, которые ранее находились под властью местных феодалов. В это время Косса проявил себя не только как отличный воин, но и как хитроумный политик и превосходный дипломат, ловко плетущий интриги и не выбирающий средства для достижения успеха. В результате его деятельности 25 августа 1403 г. Болонья, Перуджа и Ассизи - самые богатые папские приходы - перешли во владение кардинала Бальтазара Коссы. Во всех военных походах

Бальтазара сопровождали его верные друзья-пираты - Ринери Гуинджи и Гуиндаччо. Первый благодаря Косее получил сан епископа Фано.

В ноябре 1406 г. Косее стало известно о том, что в Риме скоропостижно скончался Папа Иннокентий VII, преемник Бонифация IX. Ходили слухи, что Иннокентий VII завидует успехам своего легата и требует, чтобы тот передал ему управление Болоньей. Поэтому внезапная смерть Папы навела на мысль, что это дело рук Бальтазара Коссы. Однако, едва узнав о смерти Папы, Бальтазар немедленно отправился в Ватикан.

15 июня 1409 г. 24 кардинала собрались в Пизе, чтобы низложить обоих Пап и вместо них избрать одного, который сможет удержать власть и объединить (силой или хитростью) враждующие лагеря. Как ни странно, большинство кардиналов выдвинули кандидатуру Коссы. Но у кардинала были иные планы, и он, поблагодарив собравшихся за высокую честь, предложил на пост понтифика критянина Петра Фи-ларга, кардинала и профессора Парижского университета, известного своей образованностью и высокими моральными качествами. Конклав согласился, и Петр Филарг взошел на престол святого Петра под именем Александра V.

Теперь римско-католическую церковь возглавляли три Папы! Естественно, каждый из них поспешил провозгласить соперников лжепапами и предать их анафеме. Но не у каждого Папы был такой советчик, как Косса. Он щедро обеспечивал Александра V финансами, то есть держал в полной и беспрекословной зависимости. Фактически он и управлял Церковью, прикрываясь именем Александра V. Но 3 мая 1410 г. Папа умер. А уже 17-го вновь собравшийся конклав провозгласил Коссу своим избранником, и через неделю бывший пират и головорез взошел на папский престол под именем Иоанна XXIII. Четыре года прошли вполне благополучно, но затем отношения Иоанна XXIII с неаполитанским королем Владиславом резко ухудшились. В результате Папская область подверглась неожиданному нападению неаполитанской армии, и в ночь на 8 июня 1414 г. Рим был взят штурмом. Папе чудом удалось бежать из захваченного города.