Перотто признал свое отцовство, вызвав жгучую ревность Цезаря. Уже в 1501 г. увидели свет две папские буллы, касающиеся сына Лукреции. Для того чтобы не опорочить честь дочери, в первой Папа назвал мальчика незаконным ребенком Цезаря, а во второй - собственным. Буллы противоречат друг другу, но Лукреция не упоминалась ни в одной из них и якобы не имела отношения к рождению ребенка. Это и неудивительно, ведь малыш увидел свет незадолго до заключения нового брака Лукреции - с Альфонсо Арагонским, - который состоялся в 1498 г.

Участь истинного отца малыша печальна - в порыве ревности Цезарь зарезал Перотто прямо в покоях понтифика. Он гнался за беднягой по залам дворца, а когда тот укрылся в объятиях Папы - сделал выпад, оросив кровью папский престол. Но месть Цезаря на этом не закончилась. Подозревая своего брата Джованни в связи с Лукрецией, Цезарь лелеял мечту избавиться от него, а когда стало известно, что отец видит преемником именно старшего сына, по приказу Цезаря его убили, а тело бросили в Тибр. После этого случая Цезарь, опасаясь гнева отца, покинул город, но вскоре был прощен и возвратился в Рим. В знак примирения была устроена грандиозная охота, размах и роскошь которой, как утверждали современники, описать просто невозможно.

Тем временем Лукреция жила со вторым мужем и была счастлива в браке. Став супругой герцога Бишелье и принца Салерно, внебрачного сына короля Неаполя, она получила в свое распоряжение состояние, которое было не у каждой принцессы королевской крови. Молодая женщина с удовольствием проводила время с мужем, постепенно отдаляясь от отца и брата. Однако политические интересы вновь потребовали свободы Лукреции. У Борджиа желание никогда не расходилось с делом - в ночь на 2 января 1500 г., когда супруги гостили в Риме, Альфонсо посреди площади Святого Петра подвергся нападению неизвестных и получил пять ран, ни одна из которых, однако, не была смертельной. Лукреция быстро поняла, кто нанял убийц, и преданно ухаживала за мужем, не подпуская к нему посторонних. Однако все ее усилия уберечь супруга оказались напрасными - его задушили подушкой в собственной постели, и многие хроники отмечают, что это сделал Цезарь. Альфонсо похоронили тайно, без мессы и отпевания. От герцога Бишелье у Лукреции остался сын - Родриго, который умер віз лет.

После гибели мужа Лукреция вновь вышла замуж - за принца Феррары Альфонсо дЭсте. Покидая Рим с новым супругом, Лукреция не знала, что прощается с Вечным городом навсегда. В этом замужестве она показала себя с новой стороны - респектабельной княгиней, богобоязненной женщиной, заботливой матерью и покровительницей искусств. Она вела в Ферраре очень скромный образ жизни, вызывая восторг и поклонение местных жителей. Последний муж красавицы оказался жутким ревнивцем и вел за супругой слежку, потому она редко покидала дворец, где ее жизнь больше напоминала заточение. Сама Лукреция была безразлична к мужу, хотя и родила ему шестерых детей, но сохранила свою красоту, которую не уставали воспевать художники и поэты, которым она покровительствовала. Благодаря ей замок герцога Феррары стал одним из наиболее блистательных и просвещенных дворов Европы. Особенным ее расположением пользовались художники, писавшие картины на библейские сюжеты. Лукреция осталась звездой политического Олимпа Италии даже после смерти отца и брата. Ходил слух, подтвержденный обнаруженной перепиской, что Лукрецию связывали нежные чувства с мужем сестры Альфонсо, Фран-ческо Гонзагой, маркизом Мантуи. Однако роман прервался, когда оказалось, что Франческо болен сифилисом.

В последние годы жизни Лукреция стала очень набожной, вступила в ассоциацию мирян при ордене Святого Франциска, перестала устраивать приемы и вместо шелковых платьев стала носить искупительную власяницу. Весной 1519 г. она слегла: очередная беременность истощила ее до крайней степени. Врачи, чтобы спасти жизнь матери, решили вызвать досрочные роды, но у роженицы внезапно начались схватки и на свет раньше положенного срока появилась девочка, которая не прожила и дня. Из-за родильной горячки через несколько дней умерла и мать. Это случилось 24 июня 1519 г. Лукреции было лишь 39 лет. Перед смертью дочь Папы просила только об одном - чтобы позаботились о ее цветнике из амарантов, которые она выращивала в память о тех, кто ушел в мир иной, - с древних времен амарант считался символом бессмертия.