После путешествия в Святую землю Франциск вернулся в Италию и увидел, что в ордене начались раздоры, так как многие требовали облегчения - устава. Франциск был возмущен как требованиями братьев, так и отношением официальной Церкви, которая поддерживала недовольных. Хотя с кардиналом Уголино Франциска связывали дружеские отношения, он противился всякому вмешательству Ватикана в дела францисканцев, а поскольку избежать его было невозможно, он... сам покинул орден. Так разошлись пути святого и официальной Церкви, хотя открыто об этом ни сам Франциск, ни его последователи никогда не говорили. Оставив руководство орденом одному из ближайших учеников и кардиналу Уголино, ставшему Папой Григорием IX, он странствовал и проповедовал. В праздник Рождества в лесу близ местечка Греччио Франциск устроил ясли и попытался воссоздать обстановку, описанную в Евангелии. Ночью вокруг святого и яслей собралось множество людей со всей округи. С тех пор сначала в Италии, а потом и во всем мире появился обычай ставить ясли и изображать сцены Рождества Христова в церквях.

В 1224 г. во время уединения и поста на горе Верпе Франциск обрел стигматы. Спустя два года, 4 октября, измученный ранами и болезнями святой ассизский бедняк скончался, прожив всего 34 года. Учитывая его образ жизни, постоянные самоистязания, длительные посты, утомительные странствия, скудную пищу и множество болезней, смерть в таком, по нашим меркам, раннем возрасте не удивительна. Даже наоборот - как смог юноша, привыкший к комфорту, так стойко выносить столь суровые испытания и физические страдания? Кто-то может сказать, что силы ему придавала вера. Возможно, но есть и другое объяснение: Франциск был болен страшной, в Средние века считавшейся неизлечимой болезнью, которая значительно притупляет чувствительность. Эта болезнь - лепра, или, как ее называли, проказа.