Философия алхимии напрямую связана с учением Гермеса Трисмегиста («трижды величайшего Гермеса»), прославившегося как великий учитель, делившийся своей мудростью. Судя по всему, он является синкретизмом греческого бога Гермеса, отводившего души умерших в подземное царство и передававшего послания богов, и египетского бога Тота, покровителя науки и магии. Гермеса изображали в крылатом шлеме и крылатых сандалиях с кадуцеем - крылатым жезлом, обвитым двумя змеями - в руках. Его атрибуты символизировали связь подземного мира с материальной реальностью и опытом «крылатого полета» сквозь людей: именно он исполнял роль посредника или проводника между двумя мирами. Гермеса Трисмегиста считали автором тысячи текстов о науке, философии, оккультизме и многом другом, вобравших в себя всю мудрость Древнего мира.

В основе герметики лежит понятие о существовании тесной взаимосвязи между микромиром и макромиром (воплощенной в идее «как наверху, так и внизу») и о происхождении всех вещей из «Единственной». В применении к алхимии это означает, что человеческий микромир, где встречаются тело, душа и дух, непосредственно связан со стихиями, звездами, планетами, луной и солнцем. Предполагается, что все они зеркально отражаются в каждом человеке как «космическая душа».