Дальнейшая жизнь святого не оставляет сомнений в его искренней вере и благородных стремлениях, хотя и тут у исследователей жизни ассизского бедняка нет ответов на все вопросы.

После возвращения из похода и тяжелой болезни Франциск принял решение совершить паломничество в Рим. В соборе его ожидало очередное потрясение - прихожане делали храму первого из учеников Христа весьма скромные пожертвования. Возмущенный Франциск достал целую горсть монет из кошеля и бросил их в специальное оконце, сделанное в алтаре. Звон множества монет привлек внимание паломников, а Франциск был немало смущен собственным вызывающим поступком. Он решил наказать себя за недостаточное смирение. Для изнеженного юноши, привыкшего к чистоте и роскоши, это решение стало переломным - он подошел к самому оборванному нищему и предложил поменяться с ним одеждой. Очевидно, именно в это время случился перелом в его душе, поэтическое воображение окружило нищенство романтическим ореолом святости.

Существует трогательная легенда о том, как созрело решение Франциска последовать путем святых апостолов.

Однажды, возвращаясь с вечеринки с друзьями, он отстал и задумался. Вдруг чудесное ощущение блаженства охватило его. Приятели стали подтрунивать над Франциском, интересоваться, не собирается ли он жениться, на что он ответил, что надумал взять невесту более благородную и красивую, чем кто-либо из них видел. Много лет спустя Джотто, вдохновленный этим сказанием, изобразил на стене Ассизского собора венчание святого Франциска и красивой, но исхудавшей, одетой в лохмотья женщины. Люди замахиваются на нее, дети дразнят и бросают камни, а Христос благословляет этот союз - союз Франциска с бедностью.

Можно только поражаться стойкости духа Франциска, который вопреки воле родных покинул дом, отрекся от отца и стал нищим проповедником. Неужели возможно, чтобы человек, привыкший к благополучию и комфорту, безропотно оставил все, оделся в рубище, питался объедками и не только выжил в тяжелейших условиях, но и с улыбкой произносил проповеди о любви и смирении? Что это - сила веры, помешательство или признаки ужасного недуга?

Как бы то ни было, вскоре у ассизского святого появились последователи. Их становилось все больше и больше. Это уже была реальная сила, которая подобно вальденсам могла противостоять Церкви и пользоваться поддержкой широких масс населения. Франциск проповедовал бедность и воздержание, в то время как служители Церкви - от священников до епископов, кардиналов и самого Папы - сконцентрировали в своих руках огромные богатства.