В первых числах апреля 641 г. сдался Вавилон. По условиям капитуляции византийские воины должны были сдать арабам все военное снаряжение, а затем уйти из крепости, взяв с собой лишь немного золота. Свой последний день пребывания в Вавилоне ромеи отметили неслыханной жестокостью: сидевших в темнице упорных монофиситов они освободили, предварительно отрубив им руки.

После занятия Вавилона арабы двинулись дальше на север, где им встретилось войско полководца Домития, бежавшего из Сиута. Домитий повторил свой «подвиг» и здесь. Узнав о приближении арабов, он бросил своих воинов на произвол судьбы и бежал в Александрию. Оставшиеся без начальника воины были истреблены арабами. Из них спасся только один человек — сильный борец Захария. Не встречая сопротивления, арабы заняли 13 мая 641 г. Никиу, а затем и многие другие города дельты Нила. Везде они грабили и убивали местных жителей. Спасаясь, население бежало в Александрию под защиту войск главнокомандующего Феодора.

В византийском правительстве к этому времени произошли изменения. 11 февраля 641 г. умер император Ираклий. На престол вступил его сын Константин III. Он велел стянуть войска, чтобы отправить их морем в Александрию на помощь Феодору. Однако осуществить свое намерение император не успел. В мае того же года он внезапно заболел и умер, после чего последовала династическая борьба. Мачеха Константина III Мартина добилась провозглашения императором своего малолетнего сына Ираклеона. Она стремилась управлять государством от его имени. Однако в Константинополе у Мартины было много врагов, под давлением которых через несколько месяцев сын Константина III Констант II был объявлен соправителем Ираклеона, а затем и единоличным императором. Борьба закончилась падением Мартины и ее сына.

В условиях династической борьбы в Константинополе меньше всего думали об отражении арабской опасности военным путем. Еще до падения Ираклеона и Мартины александрийский патриарх Кир был возвращен из ссылки. Ему было поручено вернуться в Александрию и заключить с арабами мир, если он увидит, что дальнейшее сопротивление невозможно.

В Египте же обстановка была крайне нестабильной. Приверженцы различных политических группировок вели междоусобную борьбу. В самой Александрии происходили раздоры между военачальниками Миной и Домитием, тем самым, что дважды бежал от арабов. Горе-полководец Домитий возбуждал всеобщую ненависть тем, что бросил на произвол судьбы своих воинов и беззащитное население. Поэтому лагерь его противников был очень велик. Мину поддерживали солдаты и большинство мирного населения в Александрии. На его же стороне выступали, по-видимому, многочисленные беженцы, скрывавшиеся в столице Египта. Накануне прибытия Кира дело дошло до вооруженного столкновения. Сторонники Мины подожгли дом влиятельного приверженца Домития Филиала, после чего на них напали вооруженные противники. Во время побоища многие были ранены. Шесть человек погибли. Чтобы успокоить народные массы, верховный главнокомандующий Феодор снял Домития с поста военачальника, а затем и совсем изгнал его из города.

Таково было положение, когда во второй половине сентября 641 г. в Александрию прибыл Кир. Хотя среди горожан и беженцев находилось немало сторонников продолжения военных действий, деморализованная и сильно потрепанная в предыдущих боях армия Феодора не была способна оказывать арабам дальнейшее сопротивление. В таких условиях Кир принял решение заключить мир. В октябре он встретился с Амром и предложил ему соглашение на прежних условиях: арабы получают дань и уходят из Египта. По преданию, при этом предложении арабы спросили: сможет ли Кир проглотить столб? Когда патриарх ответил отрицательно, ему сказали: «Так и мы не можем оставить Египет». Мир был заключен на более тяжелых для ромеев условиях: 1) александрийцы уплачивают дань; 2) византийская армия может оставаться в городе 11 месяцев, после чего покинет его; 3) арабы получают заложников (150 воинов и 50 мирных жителей) в качестве гарантии эвакуации армии; 4) мусульмане не захватывают церквей и не вмешиваются в дела христиан; 5) евреи остаются жить в Александрии. Позднее в договор включили еще одно условие: беженцы беспрепятственно возвращаются из Александрии в свои места и подчиняются арабам.

В течение одиннадцатимесячной передышки по приказу Амра был восстановлен древний канал от одного из рукавов дельты Нила до Красного моря. Это облегчило доставку продовольствия и другой добычи, а также налоговых поступлений из Египта в Аравию. С египтян завоеватели стали взимать подати не меньшие, если не большие, чем при византийцах. По преданию, сохраненному Иоанном Никиуским, патриарх Кир заболел от переживаний за тяжкую участь египетского населения и умер 21 марта 642 г. Новым патриархом 14 июля был поставлен диакон Петр, а 17 сентября 642 г. войско Феодора оставило Александрию и эвакуировалось на Кипр. Арабы заняли город, однако не сделали его центром управления Египтом. Эту роль отныне стал выполнять основанный вблизи Вавилона Фустат.