После занятия Александрии Амр, назначенный наместником Египта, несколько ограничил поборы с населения. В данном случае он поступил как расчетливый правитель. Чтобы доходы с Египта поступали регулярно, не следовало вконец разорять его трудовое население.

Однако в Медине не поняли такой меры. Халиф Омар считал, что Амр попросту задерживает присылку налога в столицу Халифата. Египет был разделен на два наместничества. Амр остался управлять Нижним Египтом, наместником же Верхнего Египта стал Абдаллах-ибн-Сад. После смерти Омара в 644 г. новый халиф Осман вручил Амру приказ об отставке и объединил оба наместничества под управлением Абдаллаха. Тот немедленно повысил налоговый гнет. Арабские авторы сохранили известие о разговоре, происшедшем между Абдаллахом и бывшим наместником Амром. Первый сказал; «Верблюдица (т. е. Египет) дала молока больше, чем сначала». Амр возразил: «Но вы повредили ее детям».

В 645 г. ромеи сделали попытку вернуть себе Египет. К Александрии подошел византийский флот из 300 кораблей и высадил десант под командой евнуха Мануила, по происхождению армянина. Часть местного населения, недовольная увеличением податного гнета, перешла на его сторону. Мануил при поддержке александрийцев занял столицу Египта. Император Констант II утвердил его в качестве своего августала (наместника). Ввиду серьезности обстановки халиф вновь отправил в Египет Амра-ибн-ал-Аса и поручил ему вести войну с ромеями. Это было сделано потому, что Амр считался знатоком страны и имел большой опыт ведения войны. К тому же о его возвращении халифа просили арабы, поселившиеся в Египте.

Прибыв на театр военных действий, Амр проявил себя не только как опытный полководец, но и как талантливый политик. Он очень скоро убедился в том, что ромеи не могут привлечь к себе основную массу египетского населения. Выйдя из Александрии, они, несмотря на то, что часть жителей перешла на их сторону, стали, по свидетельству Ибн-Абд-ал-Хакама, «останавливаться в селениях, пить вино жителей, есть их еду и грабить то, мимо чего они проходили». Такими поступками византийцы быстро восстановили против себя египтян. Жители селений, подвергнувшихся грабежам, не имели никаких оснований испытывать симпатии к ромеям. Более того, некоторая часть коптов и на этот раз выступила на стороне арабов. Этим-то обстоятельством и воспользовался Амр. Когда византийцы двинулись из Александрии на юг, он не трогал их, пока они не достигли Никиу. За это время ромеи грабежами, которые они производили по пути своего следования, вырыли между собой и коптами непреодолимую пропасть. Убедившись наконец в том, что византийские войска не получат от местного населения значительной помощи, Амр приказал атаковать их на суше и на море (к этому времени у арабов уже был на Средиземном море свой военный флот). В ряде сражений ромеи были разгромлены. Августал Мануил погиб. В 646 г. арабы вторично заняли Александрию, на этот раз окончательно. Чтобы город не мог больше выйти из повиновения, Амр приказал разрушить его стены со стороны суши. Со стороны моря стена разрушена не была на случай возможного нового вторжения ромеев.