В 646 г. в Армению в качестве императорского наместника прибыл некий Фома (Тумас), который принял сторону врагов ишхана. По словам Себеоса, «он не пожелал нарушить договор, заключенный между императором и правителем мидян.

Он объединил под своим руководством всех князей, отправился к правителю мидян и установил мир. Он взял у него много имущества и клятвенно обещал ему, что он свяжет Теодороса и отправит ко двору...». Затем Фома схватил Теодороса и доставил к императору. Однако император Констант был возмущен действиями Фомы. Он приказал снять оковы с Теодороса и назначил ему жалованье из казны. Фоме даже не позволили войти во дворец. В конце концов его лишили достоинства, а Теодороса оправдали.

В Константинополе Теодорос встретил Варазтироца Багратуни. Последний в это время решил вернуться в Армению. Переодевшись, он бежал из столицы Византии, достиг армянской области Тайк и укрепился там при поддержке местных князей. В стране начались смуты. Чтобы прекратить их, феодалы и войско Армении отправили католикоса Нерсеса III к Варазтироцу для переговоров. Католикос предложил ему дать клятву верности и стать ишханом. Варазтироц согласился. Нахарары просили императора сделать его ишханом Армении, и Констант II дал согласие. Однако еще до получения императорского указа Варазтироц внезапно заболел и умер. Возможно, его убили греки.

Император утвердил достоинство ишхана за Теодоросом Рштуни. Как пишет Себеос, «желали того князья армянские или нет, но он был утвержден в этой власти».

Различные арабские отряды опустошали Армению. Один из них, пройдя огнем и мечом до Тайка, напал на Картли. Опустошению также подверглась Албания. Однако закрепиться в Закавказье арабы в тот период все же не смогли. По миру между Византией и Халифатом в 651 г. первая сохранила свою власть над Арменией.

Однако мирное соглашение соблюдалось недолго. Новый конфликт возник из-за обладания Арменией. В 653 г. Теодорос Рштуни порвал связи с Византией и признал над Арменией верховную власть Халифата. По соглашению с Теодоросом арабы обязались в течение трех лет не брать дани с армян, а после этого срока брать столько, сколько армяне сами пожелают. Нахарары должны были содержать конницу в 15 тыс. человек, отпускать им содержание, и это арабские власти засчитывали в счет дани. Эта конница должна была выступить по требованию арабского правителя в любые места, кроме Сирии. В то же время арабы обязались не присылать в армянские крепости своих эмиров и воинов, а если ромеи нападут на армян, отправить на помощь последним войско, сколько те пожелают.