Объединение обеих частей Армении под властью Византии не вызвало никаких ответных мер со стороны сасанндской Персии. Это объяснялось тем, что бóльшая часть персидских войск была в то время занята тяжелыми боями с арабами, наступавшими с юга.

Кроме того, в начале 40-х гг. VII в. в Албании и Иверии началось освободительное движение.

Когда арабы только начали свое наступление, албанский правитель Вараз-Григор из рода Михранидов послал на помощь персам войско под командой своего сына Джаваншира. Джаваншир сражался на стороне персов семь лет, получив при этом множество ран, а затем вернулся в Албанию, где вскоре стал фактическим соправителем своего отца. Будучи одним из самых выдающихся политических деятелей своего времени, он очень рано понял, что держава Сасанидов обречена и полное завоевание ее арабами неизбежно. Поэтому, заключив союз с картлийским эрисмтаваром Атрнерсехом (Адарнасэ), Джаваншир задумал изгнать персов из Албании и поднял восстание. В течение нескольких лет албанские и грузинские войска воевали с персами, пока полностью не очистили от них Закавказье.

Занятые военными действиями в Албании, Грузии и на юге против арабов, персы смирились с переходом Восточной Армении под власть Византии. Себеос даже упоминает о существовании мирного договора между византийским императором и персидским правителем Мидии, граничившей с Арменией. Став армянским ишханом, Теодорос Рштуни сделал своей резиденцией не столицу Двин, а остров Ахтамар на озере Ван, который он укрепил и откуда защищал страну.

Поскольку главная угроза арабских вторжений в Армению исходила со стороны Месопотамии, армяне и ромеи решили нанести упреждающий удар. Приблизительно в 642 г. объединенные войска под командой Теодороса Рштуни и византийского полководца Прокопия вторглись в ал-Джазиру. Их целью было путем упреждающего удара сорвать новый арабский поход в армянские земли. Войска Теодороса и Прокопия дошли до Батна-Серуг к юго-западу от Эдессы, опустошили ее окрестности, причинив большой ущерб арабам, и вернулись в Армению. Этот поход достиг своей цели. Нападения арабов на Армению со стороны ал-Джазиры на некоторое время прекратились.

Однако вскоре арабы после разгрома основных персидских сил проникли в Атрпатакан и превратили его в плацдарм для новых вторжений в армянские земли. Вступив в Армению в 643 г. со стороны Атрпатакана, арабы опустошили области Гохтн и Нахчаван. Затем одна часть арабского войска отправилась с захваченными пленными в глубь страны, другая совершила нападение на область Артаз. вблизи которой находилось войско Прокопия. Теодорос Рштуни предупредил его о необходимости защищаться от врагов, но Прокопий не только пренебрег словами ишхана, но и оскорбил его, бросив в него свой жезл. Тогда Теодорос решил самостоятельно напасть на арабов. Его отряды укрылись в засаде и, овладев входом в одно ущелье, перебили множество врагов. Затем и Прокопий выступил против арабов, но, поскольку он действовал отдельно от Теодороса, потерпел поражение при Мардуцайке. Уничтожив бóльшую часть византийского войска, арабы возвратились назад.

Затем возобновились нападения арабов со стороны ал-Джазиры и Сирии. В 644 г. арабский полководец Хабиб-ибн-Маслама опустошил западные земли Армении, но в центр страны не проник.

В то время как Армения подвергалась нападениям арабских отрядов, значительная часть армянских феодалов не желала установления в стране сильной власти ишхана и интриговала против Теодороса Рштуни. К тому же у Теодороса начались конфликты с правителем соседней Мидии.