Жестокое опустошение страны вызвало в Армении рост антиарабских настроений. К тому же арабские власти начали религиозные гонения и даже замышляли полное истребление нахараров с их всадниками. Это привело в 703 г. к восстанию против Халифата, которое возглавил Смбат Багратуни, до этого занимавший проарабскую позицию.

Смбат созвал к себе на совет Смбата, сына Ашота Багратуни, Варда, сына Теодороса Рштуни, брата своего Ашота и других князей. Нахарары решили отправиться в страну ромеев. После совещания князья вместе со своими всадниками в количестве менее 2 тыс. человек двинулись на соединение с византийцами. Арабский отряд в 8 тыс. воинов, находившийся в Нахчаване, стал их преследовать. Расположившись лагерем в селе Варданакерт, армянские князья завязали переговоры с арабами, убеждая их, что они не намерены восстать, а желают лишь оставить страну. Как видно, армяне не хотели вступать в сражение из-за численного превосходства врага. Но арабы и слышать не хотели о мирных переговорах. Тогда на следующий день армяне отчаянно напали на врагов и обратили их в бегство. Армянам помог сильный мороз, к которому арабы, как уже упоминалось, были непривычны. Ветер дул в лицо арабам. Отходя, они вступили на лед реки Аракса, но он не выдержал. Многие арабы утонули. Спаслись только 300 человек, которые нашли убежище у какой-то княгини Шушан. Она вышла навстречу преследовавшему их князю Смбату, сыну Ашота, и просила его пощадить босых и раненых беглецов. Княгиня одела арабов, перевязала их раны и отправила к халифу.

После победы при Варданакерте армяне, завладевшие богатой добычей, послали византийскому императору в дар арабских коней. Император выразил благодарность Смбату Багратуни, наградил его высоким титулом куропалата, но действенной помощи не оказал. Очевидно, Византия в условиях тяжелых боев с арабами в Африке, Малой Азии и Лазике не могла послать свои войска в Армению и сама пыталась использовать восстание армян в своих интересах (чтобы отвлечь внимание арабов от ромейских пределов).

Смбат Багратуни укрепился в крепости Тухарк в горной области Тайк. Тем временем восстание распространилось на другие армянские области. Арабские отряды истреблялись.

Узнав о поражении арабов, халиф приказал своему брату Мухаммеду-ибн-Мервану напасть на Армению с большим войском. Считая, что оказать сопротивление этому войску будет невозможно, армянские князья уполномочили католикоса Саака вести с арабами мирные переговоры. Католикос с некоторыми другими епископами выехал в Сирию. Они прибыли в Харран и стали ожидать там приезда Мухаммеда. Находясь в Харране, католикос Саак сильно занемог и вскоре умер. Перед смертью он обратился к арабскому наместнику с просьбой-завещанием — обеспечить свободу вероисповедания в Армении и не карать ее народ за восстание. Мухаммед удовлетворил просьбу католикоса, дав письменную клятву о свободе веры, и епископы, его сопровождавшие, вернулись с телом Саака в Армению.

Новым армянским католикосом стал Илия (Егиа) Арчишеци, который немедленно доказал халифу свою преданность. Дело в том, что к тому времени католикос Албании Нерсес Бакур, сменивший на этом посту умершего Елиазара, перешел в халкидонитство и стремился обратить в эту веру всю свою паству. Активную поддержку ему оказала Спрам, вдова князя Вараз-Трдата. Однако большинство духовенства и феодалов Албании, в том числе и сам верховный правитель Широй, отнеслось к распространению халкидонитства враждебно и осталось верно монофиситству. Они обратились к новоизбранному армянскому католикосу Илие с призывом о помощи.

Илия немедленно отправил халифу донос на Нерсеса. Неизвестно, преследовал ли последний кроме религиозных также и политические цели, но армянский католикос постарался представить халифу дело так, будто Нерсес и Спрам находились в связи с императором ромеев. Он писал: ^Теперешний католикос агванский, сидящий в Партаве, условившись с императором греческим, упоминает его в молитвах и принуждает страны наши соединиться с ним в вере. Да будет это вам известно, и не пренебрегайте этим, потому что у него есть соумышленница, женщина знатная, прикажите наказать их великой властью вашей...»

Халиф ответил католикосу посланием, в котором извещал его о посылке в Албанию своего приближенного с огромным войском. Как видно, он всерьез встревожился вероятностью соединения албанцев с византийцами и стремился предотвратить возможное восстание. Он заверял Илию, что из милости к нему «отправил верного слугу моего с многочисленным войском. Мы приказали произвести по вашим законам исправления в агванцах, возмутившихся против владычества нашего. Раб наш приведет в исполнение приговор наш в твоем присутствии в Партаве; он привяжет к одной цепи Нерсеса и жену, соумышленницу его, и привлечет их к вратам дворца царского, чтобы сделать их позорищем всех мятежников».

Илия прибыл в Албанию со своими епископами и совместно с Широем и посланцем халифа осудил Нерсеса. Тот был схвачен, закован в цепи, не ел в течение 8 дней и вскоре умер. Албанская церковь осталась монофиситской и подчиненной армянскому католикосу.

Несмотря на то, что у католикосов армянского Илии и албанского Симеона (преемника Нерсеса) сложились хорошие отношения с арабскими властями, последние не оставили своего намерения истребить нахараров и тайно наблюдали за ними. В 705 г. умер халиф Абд-алМалик. Его преемник Валид I (700—715 гг.) в первый год своего правления заявил, что нахарары «будут препятствием и соблазном нашему владычеству».

В это время Смбат Багратуни обратился к византийскому императору с просьбой о помощи. Получив от него войско, он проник в область Вананд, но у села Драшпет потерпел поражение от арабов. При этом погибло много ромеев.

После этого арабские власти решили привести в исполнение свое намерение истребить нахараров. Мухаммед приказал своему делопроизводителю в Нахчаване Касиму пригласить князей к себе вместе с всадниками, якобы для того, чтобы внести их в список для получения жалованья. Не предполагая западни, нахарары прибыли туда, однако их воинов хитростью заперли в двух церквах и сожгли, нахараров же повесили, предварительно путем жесточайших пыток заставив их выдать свои сокровища. После убийства нахараров и воинов Мухаммед взял множество крепостей и увел в плен многих князей. При этом пострадали и те закавказские владетели, которые вообще не участвовали в антиарабских выступлениях. Был схвачен и лишен власти правитель Албании Широй. Его проарабская политика нисколько ему не помогла. Вместе с другими албанскими вельможами он был уведен в Сирию.