Несколько веков феодальной раздробленности оставили в наследство единому Русскому государству могущественную боярскую аристократию. Структура московского боярства запечатлела в себе всю историю объединения русских земель. Знать из различных земель приняла участие в формировании высшей московской иерархии, но не в одинаковой мере. Раньше, чем где бы то ни было, крупное феодальное землевладение сформировалось в Новгородской земле. Древнее новгородское боярство одержало верх над княжеской властью и основало феодальную республику. До присоединения Новгорода к Москве местное боярство сохраняло огромные земельные богатства и политическое господство. Именно боярство было носителем традиций раздробленности в Новгороде. Но Иван III конфисковал боярское землевладение и тем самым уничтожил древнее боярство на всей территории обширной Новгородской земли. Конфискованные земли были переданы на поместном праве московским служилым людям помещикам. Разгром новгородского боярства и развитие поместной системы землевладения в Новгороде стали одной из важных предпосылок формирования самодержавия в XVI в.

В ряде случаев им удавалось вернуться в свои родовые гнезда. Но едва ли можно представлять дело так, будто казна могла возвратить ссыльным, прожившим в местах поселения год и более, конфискованные вотчины в прежнем цветущем состоянии или полностью возместить движимое, разграбленное опричниками. Известно, как быстро развозили крестьян из выморочных имений и вотчин, лишившихся владельцев. Княжата должны были довольствоваться основательно опустевшими землями или ждать компенсации. Но у казны не было свободного фонда населенных земель, чтобы обеспечить всех вернувшихся из казанской ссылки. Никакие царские «прощения», по-видимому, не могли возместить Ярославским, Ростовским и Стародубским князьям материальный ущерб, нанесенный им опричными конфискациями и ссылкой.