Успех Трифона оказался кратковременным. Уже к середине 1462 г., как мы видели, ему пришлось согласиться на восстановление административного контроля над Кирилло-Белозерским монастырем со стороны Михаила Андреевича. Ставленник Трифона Филофей был низложен, место настоятеля вновь занял Кассиан (вызванный, по всей вероятности, на Белоозеро из Спасо-Каменного монастыря, куда он, судя по повести Паисия Ярославова, был направлен Василием Темным по возвращении из Константинополя), который был, думается, убежденным сторонником административного подчинения обители верейско-белозерскому князю.

С чем связана уступка ростовским владыкой своих завоеванных было в Кирилло-Белозерском монастыре позиций? Может быть, в сложной внутри - и внешнеполитической обстановке первой половины 1462 г. (ощущалась угроза столкновения с Новгородом, выступления против Москвы бежавших в Литву сторонников князя Ивана Можайского и сына арестованного в 1456 г. князя Василия Ярославича Серпуховского Ивана) в Москве, которая стояла за спиной Трифона, решили пойти на некоторые уступки князю Михаилу Верейскому, чтобы быть уверенными в его абсолютной лояльности. Но уступка Михаилу Андреевичу административного контроля над Кирилло-Белозерским монастырем была временной. Идея переподчинения этой обители ростовскому владыке продолжала витать в высоких церковно-политических кругах Руси, и в 1478/79 г. она была реализована. Ростовскому архиепископу Вассиану с помощью Ивана III удалось добиться (вопреки сопротивлению Михаила Верейского и поддержавшего его в этом споре митрополита Геронтия) перехода Кирилло-Белозерского монастыря под сюзеренитет ростовского владыки. Причем прецедент, происшедший весной 1461—весной 1462 г., был использован как одно из доказательств законности претензий ростовского епископа на юрисдикцию над Кирилло-Белозереким монастырем. На этот прецедент ссылался на суде представитель архиепископа Вассиана Ф. Пулуханов.