Почему опричная политика сохраняла антикняжескую направленность лишь в течение года, после чего потерпела полный крах? Попытки достичь политического компромисса не удались. Когда власти созвали в столице Земский собор для рассмотрения вопроса о войне, члены собора обратились к царю с настойчивым ходатайством об отмене опричнины. Описанные события послужили прологом для второго периода в истории опричнины, периода террора 1567—1571 гг. В этот период гонениям подверглась не столько знать, сколько высшая приказная бюрократия, мелкие новгородские помещики, церковные деятели, горожане. Многие опальные того времени либо несли службу непосредственно в государственных учреждениях, либо принадлежали к социальным слоям, которые составляли опору централизующегося государства. Эти общественные группы невозможно связать с традициями феодальной раздробленности. Реконструкция приказного списка синодика опалых Ивана IV, представляющего краткий конспект документов опричного архива, позволила установить достоверные данные по истории опричнины в 1567—1571 гг. Эти данные дают основания утверждать, что царский террор был политически бессмысленной мерой.

Вопреки традиционному взгляду опричнина никогда не была цельной политикой. Ни ее земельные мероприятия, ни ее репрессивные проявления в действительности не были подчинены единому принципу или единой программе на протяжении семи лет существования опричнины. Попытка утвердить самодержавный образ правления, опираясь исключительно на насилие, не удалась. К 1572 г. опричнина завела страну в тупик, и Иван IV вынужден был вернуться к традиционным методам управления государством, отменив опричнину.